今天，多肽合成技术已经相当成熟，许多普通的单位都可以通过现成的多肽合成方案进行合成。对于新手来说，了解一定的多肽合成的原理，对于认识多肽合成的过程，排除合成中碰到的问题都是有好处的。简单来说，最基本的程序化的多肽合成工艺无非就是树脂溶胀、脱保护、偶联、再脱保护、再偶联……其他特殊的合成都是在这个基础上建立的。
对于多肽合成的新手来说，有几个误区：
误区一：合成时间越长越好。多肽合成的效率经过多年的摸索和优化，每一步的合成效率在短时间内都能达到99%以上，过长的反应时间对正面的反应产率提高非常有限，却大大增加了副反应发生的机率，所以过长的反应时间并不好。
误区二：氨基酸的侧链保护都一样。带有活泼侧链的氨基酸在合成中需要保护，根据侧链的不同，保护基也有不同的选择。选择适当的保护基可以有效地减少合成的难度。
误区三：万能的切肽试剂。大部分的多肽都可以用一套切肽试剂的组合从树脂上切下来，而对于有特殊侧链保护的氨基酸，往往需要调整这种组合，而对于没有侧链保护的多肽序列，是需要加入98%TFA和2%水的溶液就可以完成，要灵活运用切肽试剂的组合。
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